RINGKASAN
:
Karsinoma
in situ
(CIS) diyakini sebagai
awal dari kanker kandung kemih invasif.
Identifikasi CIS merupakan
faktor prognostik yang berharga
sejak strategi pengobatan
radikal dapat ditawarkan pasien
sebelum penyakit menjadi invasif.
metode :
Kami mengembangkan sebuah pendekatan berbasis jalur classifier untuk memprediksi ada atau tidak adanya CIS pada pasien yang menderita kanker otot kandung kemih non invasif. Dari Analisis Pathway Kecerdikan kita dianggap empat jalur sinyal kanonik (p38 MAPK, FGF, Kalsium, dan jalur cAMP) dengan ekspresi yang paling koheren faktor transkripsi (TF) di sampel dalam satu set dua puluh delapan karsinoma otot kandung kemih non invasif. Jalur ini berisi dua belas TF secara total. Kami menggunakan ekspresi dari TF untuk memprediksi ada atau tidak adanya CIS dalam klasifikasi Validasi Tinggalkan-Satu-Out Cross.
hasil :
Kami menunjukkan bahwa tingkat ekspresi TF dalam tiga jalur (FGF, p38 MAPK, dan sinyal kalsium) atau ekspresi dari dua belas TF bersama-sama dapat digunakan untuk memprediksi ada atau tidak adanya CIS bersamaan. Sebuah analisis cluster berdasarkan ekspresi dari dua belas TF memisahkan sampel dalam dua kelompok utama: satu cabang terdapat 11 dari 15 pasien tanpa CIS bersamaan dan dengan sebagian besar gen yang turun diatur; cabang lain berisi 10 dari 13 pasien dengan bersamaan CIS, dan di sini sebagian besar gen sampai diatur. Ekspresi dalam kelompok CIS adalah sebanding dengan ekspresi dua puluh tiga pasien yang menderita dari otot-invasif karsinoma kandung kemih. Akhirnya, kami divalidasi hasil kami dalam tes independen mengatur dan menemukan bahwa prediksi status CIS adalah mungkin menggunakan ekspresi TF dari jalur MAPK p38.
kesimpulan :
Kami menyimpulkan bahwa adalah mungkin untuk menggunakan analisis jalur untuk klasifikasi molekul tumor kandung kemih.
metode :
Kami mengembangkan sebuah pendekatan berbasis jalur classifier untuk memprediksi ada atau tidak adanya CIS pada pasien yang menderita kanker otot kandung kemih non invasif. Dari Analisis Pathway Kecerdikan kita dianggap empat jalur sinyal kanonik (p38 MAPK, FGF, Kalsium, dan jalur cAMP) dengan ekspresi yang paling koheren faktor transkripsi (TF) di sampel dalam satu set dua puluh delapan karsinoma otot kandung kemih non invasif. Jalur ini berisi dua belas TF secara total. Kami menggunakan ekspresi dari TF untuk memprediksi ada atau tidak adanya CIS dalam klasifikasi Validasi Tinggalkan-Satu-Out Cross.
hasil :
Kami menunjukkan bahwa tingkat ekspresi TF dalam tiga jalur (FGF, p38 MAPK, dan sinyal kalsium) atau ekspresi dari dua belas TF bersama-sama dapat digunakan untuk memprediksi ada atau tidak adanya CIS bersamaan. Sebuah analisis cluster berdasarkan ekspresi dari dua belas TF memisahkan sampel dalam dua kelompok utama: satu cabang terdapat 11 dari 15 pasien tanpa CIS bersamaan dan dengan sebagian besar gen yang turun diatur; cabang lain berisi 10 dari 13 pasien dengan bersamaan CIS, dan di sini sebagian besar gen sampai diatur. Ekspresi dalam kelompok CIS adalah sebanding dengan ekspresi dua puluh tiga pasien yang menderita dari otot-invasif karsinoma kandung kemih. Akhirnya, kami divalidasi hasil kami dalam tes independen mengatur dan menemukan bahwa prediksi status CIS adalah mungkin menggunakan ekspresi TF dari jalur MAPK p38.
kesimpulan :
Kami menyimpulkan bahwa adalah mungkin untuk menggunakan analisis jalur untuk klasifikasi molekul tumor kandung kemih.
